Der Universitätskanzler war der Vertreter der Kirche innerhalb der Universität. Er überwachte die Prüfungen und vergab die Lizenzen. An der Universität Wien hatte der jeweilige Domprobst von St. Stephan das Amt des Kanzlers inne. Er hatte Sitz und Stimme im Konsistorium. Im 18. Jahrhundert verlor das Amt stark an Bedeutung und wurde im Zuge der Universitätsreformen des 19. Jahrhunderts auf die Theologische Fakultät beschränkt.
