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Pathologie, ab 2000 Zentrum für Hirnforschung
Konrad-Lorenz-Forschungsstelle für Ethologie, Department für Verhaltensbiologie
Institut für Wirtschaftswissenschaften (später auch Institut für Staatswissenschaft und vergleichende Gesellschaftswissenschaft)
Paulusburse, „Bursa Pauli“
Burse im Haus des Tischlers Rauch
Botanisches Museum
Schwaiger- oder Schlierstadtburse (beim Kelhaimerhaus)
Löwenburse („Zum goldenen Löwen“)
Schärdinger- oder Würfelburse
Lilienburse
Rauchburse (Neue Burse)
Forschungsinstitut für Versuchstierzucht (2003: Institut für Labortierkunde und -genetik)
Juristenschule
Studentengefängnis (Karzer), ab 1628 Schola Philosophorum
Älteres Studentenspital und Bibliothek
Jüngeres Studentenspital
Institutsgebäude Chemie und Physik, im Hintertrakt Biochemie
Neue Schule – Nova Structura
Kollegium St. Nikolaus
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